FAQ (よくある質問)

svでどんなファイルが読めるんですか？

sv では filenameを省略すると shelxl.res shelxl.ins shelxb.out shelxs.res の順に検索し自動的に読み込みます。 また、CIF,CSD の出力を直接読み込むこともできます。 読み込む優先順位を変更したいときは、 svx.ini ファイルを変更して下さい。Windows版では、ファイルを sv の window に drag & drop することでファイルを読み込みことができます。

ある原子を画面の中央に持ってくるにはどうしたらいいんですか？

vw命令で引数に原子名を入れれば可能です。

軸投影図を見る方法は？

vw命令で引数に軸の名前を入れれば可能です。

ステレオ図は回しながら見てもステレオに見えるんですか？

見えます。sc や vw などの命令を併用することも可能です。

ステレオ命令のデフォルトの数字は2.5となっていましたが、単位は何ですか？

svの画面の横を10としたときの値です。印刷するとA4サイズの横が ほぼ10に相当します。

ある原子から一定の距離にある原子一覧を見る方法は？

bo命令を使います。bo 原子名 原子からの距離(Å) で 一覧を得ることができます。

packingを見たい時にはどうすればいいんですか？

pack命令で、対称操作によってある一定範囲内に現れる原子全てを 表示します。範囲は任意に指定でき省略すると単位格子内のみを表示します。通常の有機低分子の解析時のおすすめは "pack 1" (中心の単位格子の前後上下左右1格子分の原子を発生)の後 "pack2" (中心の単位格子にひっかかっている分子のみ残して消去)です。

原子を消す方法は？

omit(om)命令で消すことができます。 また、om h と打てば、hから始まる全ての原子を消すことができます。 例えば om c と打てば、炭素とコバルトを同時に消すことになります。

消えた原子を復活させる方法は？

include(in)命令で原子名を入力すれば再表示できます。 原子名の入力の仕方はomit命令と同様ですので、二つの命令を併用する ことによって狙った原子種だけを消すことが可能です。

原子を一度に選択するにはどうしたらいいんですか？

範囲指定によって選ぶことができます。 また、ctr+左ボタンで分子全体を指定することが可能です(Ver.1.7以降)

対称操作で現れる原子を出すにはどうしたらいいんですか？

Cavity

x,y,zの座標はどのような定義で決まっているのですか？

画面に対しての座標です。したがってrotateやshiftの後は まったく違った座標系になるので注意が必要です。

stepを大きくしたり小さくしたりすると、どのような影響が出ますか？

計算時間と計算されたcavityの体積に違いが出ます。 空間が閉じているかどうかの確認をする時はstepを大きく、 体積を計算する時は小さくするのが賢明です。

描いたcavityを消すことはできますか？

readmeta というコマンドで消すことで可能です。 また、readmeta cav.psで再び読み込むことも可能です。

つながっている空間を描くときはどうすればいいんですか？

あらかじめパッキングしてから計算範囲を区切って描いて下さい。

x,y,zのうち、一つの軸だけについて範囲指定することはできますか？

現在のところできません。 すみませんが、パラメータを適当に調整してみて下さい。

disorderしているもののcavityを描くことは可能ですか？

可能ですが、意味はありますか？ 何をやろうとしているのか もう一度、よく考えて下さい。

Ortep

図を小さくしたい時はどうすればいいんですか？

ortep.inの301をいじりましょう。 301 x方向のsize y方向のsize ? ? となっています。

文字が出てこないときはどうすればいいんですか？

一度ortepを終了し、atom labelをつけてから再度ortepを 立ちあげて下さい。

邪魔な位置に出た文字をどかす方法は？

図を全体的に右にずらしたい時はどうすればいいんですか？