| モデルの投影方向の制御 |
| 通常、起動時には表示は c軸投影となり、座標の原点はモデルの重心で画面中央と一致しています。これらは、マウス中ボタン、右ボタンのドラッグによる操作、及び下記のコマンドで拡大縮小および回転、並進を行なうことができます。 |
| 回転系コマンド |
rotatex 数値１
x 数値１
rotatey 数値１
y 数値１
rotatez 数値１
z 数値１
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x,y,z 各軸の周りで 数値１度 モデルを回転させます。 |
| 並進系コマンド |
shiftx 数値１
sx 数値１
shifty 数値１
sy 数値１
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モデルを x,y軸方向に 数値１ Å 相当、並進させます。 |
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並進量を0 に戻します。 view コマンドによる並進も元に戻ります。 |
| 複合コマンド |
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原子1が画面中央になるように表示する |
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原子1から原子2を見る向きに投影表示する |
view 原子1 原子2 原子3
vw 原子1 原子2 原子3
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原子1から原子2を見る向きに投影表示する。 原子3はその右に来る向きに投影する。 |
| 原子の選択 |
| ほとんどのコマンドでは原子名の代わりに 'sl' を利用することで 選択された 原子を指定できます。画面右下のコマンドはこの選択され た原子を対象に動作します。 |
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原子名 を 選択状態にします。 マウスの左クリックすることにより選択可能です。Ctrl+左クリックで分子選択、左ドラッグで範囲選択になります。 |
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全ての選択状態を解除します。 |
| 原子の表示制御 |
| 原子／電子密度ピークの表示, 非表示をきめるコマンドです。 |
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分子番号と一致する原子のみが出力されます。 |
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指定した原子を表示状態にします。 原子名に `sl' を指定すると 選択状態にある原子が表示状態になります。 原子名の代わりに原子種名を入力することも可能で、その場合、たとえば `C' を指定すると炭素原子が全て表示状態になります。 また `cell' を指定すると単位格子が、`bl' を指定すると結合距離が表示 されます。`ll' で対称要素の情報が表示されます。 |
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include の逆です。表示を停止します。 |
pack [Xmin Xmax Ymin Ymax Zmin Zmax] |
結晶構造図の作図。範囲指定可能。 |
pack Range |
結晶構造図の作図。 -Range<x<1+Range, ... の範囲を作図する。 |
pack2 [Range] |
単位格子の外にある分子を図から取り除く。 -Range<x<1+Range, ... の範囲に分子がかかっていたら残す。 |
| 表示の設定 |
| 表示の大きさ、投影距離の制御コマンドです |
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モデルの表示を 数値 倍に 拡大・縮小します。 |
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モデルの投影距離を設定します。 モデルの重心から 数値 Å の距離からの １点透視図になります。 数値 に 0 を設定すると無限遠からの投影になり ます。 |
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表示をステレオ図に切替えます。数値は視点間の距離です。 デフォルト値は 2.5 です。 なお、ステレオ表示を選択すると自動的に表示スケールが 0.5 倍になります。 |
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表示を通常の透視図に戻します。スケールも元に戻ります。 |
| ファイル・プリンタ出力 |
| プリンタ出力 |
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Post Script 形式で 図形をファイルに出力します。出力ファイル名は sv.ps に固定です。sv を終了後 lpr コマンドなどで出力して 下さい。 |
| Cavity 用入力ファイルの出力。 |
cv vw auto vol bond radii grid exec
cavity vw auto vol bond radii grid exec
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Cavity Ver. 4.0 仕様の入力ファイルを出力します。 パラメータは以下の通り。 vw: 図を見る方向の指定。通常は 0. auto: 自動範囲指定。 1:自動、0:手動 vol: 体積計算 1:計算する, 0:計算しない bond: 結合 1:描く, 0:描かない radii: 表示原子の半径。通常は 0 grid: 計算を行なう間隔。通常 0.1 - 0.2。 試験的には 0.5 程度にすると速い。 exec: cav4 の 自動実行。 1:実行, 0:実行しない。 |
| Ortep 用入力ファイルの出力 |
| Ortep 用入力ファイルを出力します。 出力される原子及び結合は現在表示されているもののみです。 あらかじめ原子、結合を加除して必要なものを表示しておいて下さい。 原子名、単位格子の表示もこれに準じます。 |
ortep [R [RH [SCode [ACode [ICode [HCode]]]]]]
or [R [RH [SCode [ACode [ICode [HCode]]]]]]
ortep3 [R [RH [SCode [ACode [ICode [HCode]]]]]]
or3 [R [RH [SCode [ACode [ICode [HCode]]]]]]
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R: 一般原子の半径。 無指定 または 0 を指定すると温度因子に応じた値になる。 RH: 水素原子の半径。 無指定 または 0 を指定すると温度因子に応じた値になる。 SCode: 選択した原子の楕円体の形状。711-715 で指定。 ACode: 異方性の温度因子をもった原子の楕円体の形状。711-715 で指定。 ICode: 等方性の温度因子をもった原子の楕円体の形状。711-715 で指定。 HCode: 水素原子の楕円体の形状。711-715 で指定。 |
| 情報の表示 |
| 原子を指定して結合距離、角度、座標などを表示するコマンドです。 |
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原子の座標を表示します。補助的な情報として、セル内で対称操作を行なった場合の 座標も表示されます。 |
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原子名から 距離数値 Å 以内の原子を表示します。 |
bond 原子名1 原子名2 [ 原子名3 [原子名4] ]
bo 原子名1 原子名2 [ 原子名3 [原子名4] ]
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指定された原子間の結合距離、角度、ねじれ角を表示します。 |
| モデルの修正 |
| 結合情報などの修正を行うためのコマンドです。 |
delbond 原子名1 原子名2
db 原子名1 原子名2
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指定した原子間の結合を消去します。 |
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引数として "sl" を指定した場合、選択状態にある原子間の結合を順次消去します。 |
makebond 原子名1 原子名2
mb 原子名1 原子名2
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指定した原子間に結合を作成します。 |
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引数として "sl" を指定した場合、選択状態にある原子間の結合を順次作成します。 |
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原子名 を中心として結合情報を元にして対称操作などを行ない分子を再構成 します。 原子名に auto を指定すると、結合情報を用いずに独自の基準で 結合を認識して再構成を行ないます。 |